Поиск полногеномных ассоциаций с синдромом зависимости от алкоголя и злоупотреблением алкоголем

Полный текст:   Только для подписчиков

Рекомендуемое оформление библиографической ссылки:

Яковчик А.Ю., Мамчур А.А., Иванов М.В., Каштанова Д.А., Терехов М.В., Некрасова А.И., Некрасов А.С., Маралова Е.Д., Шингалиев А.С., Голубникова Л.А., Митрофанов С.И., Павлов К.А., Павлова О.В., Небогина К.А., Байрамова С.П., Козлов А.А., Шпорт С.В., Юдин В.С., Макаров В.В., Кескинов А.А., Краевой С.А., Юдин С.М. Поиск полногеномных ассоциаций с синдромом зависимости от алкоголя и злоупотреблением алкоголем // Российский психиатрический журнал. 2025. №3. С. 65-79.

Аннотация

В одномоментном ретроспективном исследовании с целью изучения генетической основы синдрома зависимости от алкоголя (СЗА) был проведен поиск полногеномных ассоциаций в когорте пациентов с СЗА, а также в когорте лиц, злоупотребляющих алкоголем, но не имеющих установленного диагноза и клинических признаков СЗА. С целью выявления общих генетических механизмов, способствующих развитию аддиктивного поведения, была проведена кластеризация результатов поиска полногеномных ассоциаций. В результате были обнаружены генетические полиморфизмы, ассоциированные как с СЗА, так и со злоупотреблением алкоголем. С учетом того, что генетика обуславливает только часть риска развития СЗА, мы проанализировали основные социо-демографические факторы, традиционно ассоциированные с алкоголизмом. Полученные результаты демонстрируют, что определенные генетические факторы, ассоциированные с клиническим диагнозом СЗА, отличают эту группу от лиц, злоупотребляющих алкоголем, но не имеющих данного диагноза.

Ключевые слова синдром зависимости от алкоголя; поиск полногеномных ассоциаций; злоупотребление алкоголем; генетическая предрасположенность; ALDH2

Литература

1. de Moor MHM, Vink JM, van Beek JHDA, et al. Heritability of problem drinking and the genetic overlap with personality in a general population sample. Front Genet. 2011;2:76. DOI: 10.1242/dmm.049601 2. Chen C-H, Kraemer BR, Mochly-Rosen D. ALDH2 variance in disease and populations. Dis Model Mech. 2022;15(6). DOI: 10.1242/dmm.049601 3. Deak JD, Levey DF, Wendt FR, et al. Genome-Wide Investigation of Maximum Habitual Alcohol Intake in US Veterans in Relation to Alcohol Consumption Traits and Alcohol Use Disorder. JAMA Netw Open. 2022;5(10):e2238880. 4. Anokhina IP. [Pleasure and pathogenesis of addictive diseases]. Voprosy narkologii [Journal of Addiction Problems]. 2017;(2-3):15–41. (In Russ.) 5. Kibitov AO. Etiologiya i patogenez boleznei zavisimosti: dofaminovaya neiromediatornaya sistema. In: Geneticheskie aspekty narkologicheskikh zabolevanii. Moscow; 2021. Р. 17. (In Russ.) 6. Kibitov AO, Kuznetsova MN. [Molecular mechanism of alcohol addiction: the role of glutamate receptors of the brain]. Voprosy narkologii [Journal of Addiction Problems]. 2019;5(176):58–98. (In Russ.) 7. Morozova TV, Mackay TFC, Anholt RRH. Genetics and genomics of alcohol sensitivity. Mol Genet Genomics. 2014;289(3):253–69. DOI: 10.1007/s00438-013-0808-y 8. Kibitov AO, Nikolishin AE, Trusova AV, et al. [A first Russian genome-wide association study of alcohol dependence: a project of the Russian national consortium for psychiatric genetics]. Voprosy narkologii [Journal of Addiction Problems]. 2019;181(10):87–115. (In Russ.) 9. Hoang T, Smith MD, Jelokhani-Niaraki M. Toward understanding the mechanism of ion transport activity of neuronal uncoupling proteins UCP2, UCP4, and UCP5. Biochemistry. 2012;51(19):4004–14. DOI: 10.1021/bi3003378 10. Ehrnrooth A, Gluschkoff K, Jokela M, et al. Sociodemographic risk factors for the persistence of harmful alcohol use: a pooled analysis of prospective cohort studies. Soc Psychiatry Psychiatr Epidemiol. 2024. DOI: 10.1007/s00127-024-02654-w 11. Zhou H, Kember RL, Deak JD, et al. Multi-ancestry study of the genetics of problematic alcohol use in over 1 million individuals. Nat Med. 2023;29(1229):3184–92. DOI: 10.1038/s41591-023-02653-5 12. bcl2fastq and bcl2fastq2 Conversion Software Downloads. URL: https://emea.support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/bcl2fastq-conversion-software/downloads.html (accessed on: 07.12.2024). 13. Sequencing Analysis Viewer Support. URL: https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/sequencing_analysis_viewer_sav.html (accessed on: 07.12.2024). 14. Babraham bioinformatics – FastQC A quality control tool for high throughput sequence data. URL: https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (accessed on: 07.12.2024). 15. GDC reference files. URL: https://gdc.cancer.gov/about-data/gdc-data-processing/gdc-reference-files (accessed on: 07.12.2024). 16. DRAGEN Secondary Analysis. URL: https://www.illumina.com/products/by-type/informatics-products/dragen-bio-it-platform.html (accessed on: 07.12.2024). 17. Li H, Handsaker B, Wysoker A, et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009;25(16):2078–9. 18. Pedersen BS, Quinlan AR. Mosdepth: quick coverage calculation for ge-nomes and exomes. Bioinformatics. 2018;34(5):867–8. 19. Kim S, Scheffler K, Halpern AL, et al. Strelka2: fast and accurate calling of germline and somatic variants. Nat Methods. 2018;15(8):591–4. 20. «Picard Toolkit». Broad Institute, GitHub Repository. 2019. URL: https://broadinstitute.github.io/picard/ (accessed on: 07.12.2024). 21. McLaren W, Gil L, Hunt SE, et al. The Ensembl Variant Effect Predictor. Genome Biol. 2016;17(117):122. 22. Toma C, Gómez-Blanco JI, Martínez-Jiménez M, et al. F16. The purine metabolism in mental illnesses: The role of the cancer gene Fhit across psychiatric diseases. Eur Neuropsychopharmacol. 2023;75:S228. DOI: 10.1016/j.euroneuro.2023.08.404 23. Howard DM, Adams MJ, Clarke T-K, et al. Genome-wide meta-analysis of depression identifies 102 independent variants and highlights the importance of the prefrontal brain regions. Nat Neurosci. 2019;22(3):343–52. DOI: 10.1038/s41593-018-0326-7 24. Saunders GRB, Wang X, Chen F, et al. Genetic diversity fuels gene discovery for tobacco and alcohol use. Nature. 2022;612(7941):720–4. DOI: 10.1038/s41586-022-05477-4 25. Marbach F, Stoyanov G, Erger F, et al. Variants in PRKAR1B cause a neurodevelopmental disorder with autism spectrum disorder, apraxia, and insensitivity to pain. Genet Med. 2021;23(23):1465–73. DOI: 10.1038/s41436-021-01152-7 26. Tamaddon-Jahromi S, Kanamarlapudi V. AGAP1. Encyclopedia of Signaling Molecules. Cham: Springer International Publishing; 2018. P. 239–44. 27. Nemmer JM, Kuchner M, Datsi A, et al. Interleukin-31 Signaling Bridges the Gap Between Immune Cells, the Nervous System and Epithelial Tissues. Front Med. 2021;8:639097. DOI: 10.3389/fmed.2021.639097 28. Crews FT. Immune function genes, genetics, and the neurobiology of addiction. Alcohol Research: Current Reviews. 2012;34(3):355–61. 29. Deng IB, Follett J, Bu M, et al. DNAJC12 in Monoamine Metabolism, Neurodevelopment, and Neurodegeneration. Mov Disord. 2024;39(2):249–58. DOI: 10.1101/2023.06.22.23291747 30. Zhou H, Sealock JM, Sanchez-Roige S, et al. Genome-wide meta-analysis of problematic alcohol use in 435,563 individuals yields insights into biology and relationships with other traits. Nat Neurosci. 2020;23(7):809–18. DOI: 10.1038/s41593-020-0643-5 31. Kang J, Deng Y-T, Wu B-S, et al. Whole exome sequencing analysis identifies genes for alcohol consumption. Nat Commun. 2024;15(1):5777. DOI: 10.1038/s41467-024-50132-3 32. Weißflog L, Scholz C-J, Jacob CP, et al. KCNIP4 as a candidate gene for personality disorders and adult ADHD. Eur Neuropsychopharmacol. 2013;23(6):436–47. DOI: 10.1016/j.euroneuro.2012.07.017

Метрики статей

Загрузка метрик ...

Metrics powered by PLOS ALM